Seqüenciat el genoma del lleopard d'Aràbia, una subespècie amb signes d'extinció a l'ADN
Un equip internacional liderat per l'IBE ha identificat indicis de declivi genètic al genoma del lleopard d'Aràbia.
La investigació ha aconseguit reunir la base de dades genòmiques més gran del lleopard fins a la data, incloent la seqüenciació de novo del genoma complet de dos lleopards d'Aràbia.
Les anàlisis filogenètiques de l'estudi apunten que el lleopard d'Aràbia és més proper als lleopards d'Àsia que als africans, al contrari del que es creia.
Les troballes poden ser clau per reconstruir la història evolutiva del lleopard i dirigir de manera eficaç els esforços de conservació del lleopard d'Aràbia, en perill crític d'extinció.
El lleopard és una de les espècies més icòniques i reconeixibles actualment. Es tracta d'un depredador que ha aconseguit adaptar-se al llarg de la història a un gran nombre d'ecosistemes diferents a l'Àfrica, Europa i Àsia. Tot i ser tan emblemàtica, la realitat és que coneixem molt poc sobre aquesta espècie. D'entre les seves vuit subespècies actuals, una de les menys estudiades és el lleopard d'Aràbia, Panthera pardus nimr.
Aquesta subespècie, en perill crític d'extinció, només compta amb 250 exemplars que es distribueixen al llarg d'Aràbia Saudita, Iemen i el sud d'Oman. Tot i això, a causa de la seva situació geogràfica entre els dos principals clades de lleopards (Àfrica i Àsia), es tracta d'una població clau per entendre la història evolutiva d'aquests felins.
Ara un equip internacional liderat per l'Institut de Biologia Evolutiva (IBE), un centre mixt del Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC) i la Universitat Pompeu Fabra (UPF), ha compilat la base de dades genòmiques més gran del lleopard fins ara. L'equip ha analitzat el genoma complet de dos exemplars de lleopard d'Aràbia i presenta dades preocupants sobre el seu declivi genètic.
La investigació clarifica la història evolutiva del lleopard, i confirma que el lleopard d'Aràbia és una subespècie genèticament diferent i a la vora de l'extinció. L'estudi també estableix les bases per conservar les poblacions d'aquest felí amenaçat amb l'ajuda de la informació genòmica disponible.
El lleopard d'Aràbia va ser el primer a arribar a Àsia i potser Europa
Les anàlisis genòmiques de l'ADN nuclear de dos individus suggereixen que el lleopard d'Aràbia és un grup germà dels lleopards asiàtics. Amb això l'estudi contradiu investigacions anteriors basades en l'anàlisi d'ADN mitocondrial, més curt i d'herència exclusivament materna, que havien observat un parentiu més gran amb el lleopard africà - l'altre clade majoritari. Els resultats de l'estudi suggereixen que el lleopard d'Aràbia va poder iniciar l'expansió del lleopard després de l' "Out-of-Africa" cap a la resta del continent asiàtic i potser Europa.
L'anàlisi del parentiu ha confirmat que el lleopard d'Aràbia és una subespècie genèticament diferent, la qual cosa és de particular importància per dirigir els esforços per conservar-los.
El declivi del lleopard d'Aràbia es mostra als gens
L'equip ha identificat clars signes d'extinció als gens del felí. "L'amenaça més gran per al futur d'una espècie és la pèrdua de diversitat genètica", apunta Salvador Carranza, responsable de l'estudi i investigador principal de l'IBE. "Les poblacions del lleopard d'Aràbia són cada cop menors i el seu alt grau d'aïllament ha provocat l'endogàmia dins d'aquestes, posant en perill la seva viabilitat".
D'acord amb l'estudi, la manca de diversitat genètica observada és el resultat de declivis poblacionals recents. "Aquests van poder ser causats per l'aridesa de l'entorn i l'activitat humana, que ha provocat una degradació del seu hàbitat", afegeix Gabriel Mochales, primer autor de l'estudi i investigador predoctoral a l'IBE. Els nivells de diversitat genètica dels individus analitzats situen aquesta subespècie aràbiga a prop de l'asiàtic lleopard de Java (Panthera pardus melas), una petita població caracteritzada pel seu estricte aïllament insular. "L'absència de diversitat genètica fa que la població sigui més vulnerable als canvis ambientals o l'emergència de noves malalties, com ara el COVID", comenta Mochales.
A l'estudi ha participat el grup de genòmica comparativa, liderat pel professor ICREA Tomàs Marquès-Bonet de l'IBE, també catedràtic de la UPF.
D'acord amb l'estudi, la manca de diversitat genètica observada és el resultat de declivis poblacionals recents. "Aquests van poder ser causats per l'aridesa de l'entorn i l'activitat humana, que ha provocat una degradació del seu hàbitat", afegeix Gabriel Mochales, primer autor de l'estudi i investigador predoctoral a l'IBE.
Un pas endavant per al futur del lleopard: sense genòmica no hi ha conservació
Actualment, estan en marxa diversos programes de conservació del lleopard a la Península Aràbiga. No obstant això, aquests programes de cria en captivitat no estan tenint en compte dades genòmiques. "Amb aquest estudi, hem posat les bases d'una estratègia de conservació informada genòmicament per al lleopard àrab en perill crític", afirma Carranza, investigador principal del grup de Sistemàtica, biogeografia i evolució de rèptils i amfibis.
"Les anàlisis genètiques en poblacions amenaçades són imprescindibles per avaluar-ne la vulnerabilitat a l'extinció i gestionar accions de conservació", afegeix Mochales.
"Amb aquest estudi, hem posat les bases d'una estratègia de conservació informada genòmicament per al lleopard àrab en perill crític", afirma Carranza, responsable de la recerca i investigador de l'IBE.
"En el futur, esforços per a la seqüenciació de totes les espècies i subespècies, com el promogut per l'Earth Biogenome Project (EBP), l'European Reference Genome Atlas (ERGA) i el Catalan Biogenome Project (CBP), seran claus per protegir el patrimoni mundial que representen tots els genomes del planeta”, conclou Carranza.
Article referenciat: Gabriel Mochales-Riaño, Claudia Fontsere , Marc de Manuel, Adrià Talavera, Bernat Burriel-Carranza, Héctor Tejero- Cuéndez , Raed Hamoud M. Al Gethami , Mohammed Shobrak , Tomas Marques-Bonet, Salvador Carranza; iScience ; Genomics reveals introgression and purging of deleterious mutations in the Arabian leopard (Panthera pardus nimr). DOI: https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.107481